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1、名称和经营场所不同。个人公司必须要有固定的生产经营场所和合法的企业名称，而个体工商户可以不起字号名称，也可以没有固定的生产经营场所而流动经营。
2、经营主体和方式不同。个体工商户的投资者与经营者是同一人，都必须是投资设立个体工商户的自然人。而个人公司的投资者与经营者可以是不同的人，投资人可以委托或聘用他人管理个人独资企业事务。
3、个人公司的总体规模一般大于个体工商户。个人公司可以设立分支机构，也可以委派他人作为个人独资企业分支机构负责人。而个体工商户根据规定不能设立分支机构。另一方面个体工商户虽然可以异地经营，但随着各地近几年相继简化了外来人员的登记手续，从而使个体工商户的异地经营这一规定逐渐淡化。
4、个人独资企业与个体工商户的法律地位不尽相同。在民事、行政、经济法律制度中个人公司是其他组织或其它经济组织的一种形式，能以企业自身的名义进行法律活动。而在日常法律活动中，个体工商户的法律行为能力往往受到一定的限制，更多的时候，个体工商户是以公民个人名义进行法律活动的。
5、个人独资企业与个体工商户在财务制度和税收政策上的要求也不尽相同。根据《个人独资企业法》的规定,个人公司必须建立财务制度，以进行会计核算。值得一提的是，个人公司的财务制度是个人公司的必备条件，不以任何部门的要求而改变。
按照目前的执法情况看，个体工商户可以按照税务机关的要求建立账簿，如税务部门不作要求的，也可以不进行会计核算。一般来说，个体工商户较难认定为一般纳税人，而个人公司如符合条件则可以认定为一般纳税人。
6、个人公司相对起步要求较高 个体工商户的进入门槛比较低。
7、个体户不能直接开发票，要到当地税务所代开，有限公司在进行小额纳税人登记以后可以自己开发票。个体户可以和公司签订商务合同。公司可以将款汇入个体户的银行账户。
