普通发票丢失的处理：
如果是普通发票丢失，让开具发票的公司拿原件也就是记账联复印一份，到双方所在地税务机关开具证明。
首先，让开票方到税局报遗失，税局处理后一般就会开具罚单或行政处罚意见书。
然后，把存根或记帐复印一下，盖个公章，写上：与原件相符
最后，复印件入账
增值税发票丢失的处理：
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，
如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证;
如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
补充：如果是防伪税控增值税专用发票发生丢失的，由销货方向主管税务机关提出申请，向销货方主管税务机关开具(已抄报税证明单)，由销货方将已抄报税证明单、发票复印件交给购货方进行发票认证及抵扣进项税款，
但对开票日期已超过180天未认证的增值税专用发票，不得开具已抄报税证明，也不得开具红字发票，未超过180天未认证的，可以认证抵扣税款并用复印件入帐，如购货方已将认证并已抵扣联进行税款抵扣而发生丢失的，应向主管税务机关报告。
如果您有代理记账、注册公司的问题，请联系捷睿财务咨询公司咨询办理，咨询电话17792074006。
